La ciencia busca sistemas de detecci¨®n r¨¢pida de las nuevas variantes del coronavirus para evitar la cuarta ola

En lo peor de la tercera ola, Espa?a solo secuenciaba el 0,078% de las muestras de pacientes infectados por coronavirus: era como intentar conocer las dimensiones de un enorme iceberg usando solo la palma de una mano. El pa¨ªs est¨¢ poniendo ahora en marcha un sistema de vigilancia epidemiol¨®gica para analizar a sectores aleatorios de la poblaci¨®n y conocer la prevalencia real de la variante brit¨¢nica y de otras tambi¨¦n preocupantes como la brasile?a ...

En lo peor de la tercera ola, Espa?a solo secuenciaba el 0,078% de las muestras de pacientes infectados por coronavirus: era como intentar conocer las dimensiones de un enorme iceberg usando solo la palma de una mano. El pa¨ªs est¨¢ poniendo ahora en marcha un sistema de vigilancia epidemiol¨®gica para analizar a sectores aleatorios de la poblaci¨®n y conocer la prevalencia real de la variante brit¨¢nica y de otras tambi¨¦n preocupantes como la brasile?a o la sudafricana. Varios sistemas, algunos ya comerciales, otros en desarrollo, podr¨ªan agilizar esta tarea ante la posibilidad de una cuarta ola.

¡°La vigilancia epidemiol¨®gica de las nuevas variantes es m¨¢s importante que nunca¡±

I?aki Comas, genetista

Un estudio reci¨¦n publicado describe un nuevo sistema de diagn¨®stico r¨¢pido que podr¨ªa ser parte de la soluci¨®n en la lucha contra las nuevas variantes. Lo ha dise?ado el equipo del investigador Juan Carlos Izpisua en el Instituto Salk de California con la idea de conseguir una forma r¨¢pida y econ¨®mica de saber si alguien est¨¢ infectado y con qu¨¦ variante.

¡°Este m¨¦todo es barato y pr¨¢ctico¡±, explica Izpisua. ¡°El operador no tiene que tener ninguna experiencia previa, solo meter la muestra biol¨®gica en un tubo. Podr¨ªa estar en cualquier servicio de urgencias de un hospital o llevarlo a cualquier sitio, residencias, escuelas, y tener una valoraci¨®n r¨¢pida y exacta de los pat¨®genos presentes en una comunidad determinada sin ninguna infraestructura especial¡±, a?ade.

En la actualidad, los diagn¨®sticos se hacen con una m¨¢quina PCR que tarda algo m¨¢s de dos horas. Despu¨¦s hay que secuenciar el genoma completo del virus hallado en cada paciente. Ambos sistemas son muy fiables y aportan una gran cantidad de informaci¨®n.

El prototipo dise?ado por el equipo de Izpisua hace un trabajo menos meticuloso, pero a cambio es muy r¨¢pido. Cabe en un malet¨ªn y consiste en un test r¨¢pido que puede analizar las muestras de 96 pacientes a la vez y decir si est¨¢n contagiados en 15 minutos. El sistema lleva incorporado un secuenciador gen¨¦tico de bolsillo. Este aparato no lee el genoma completo del virus, que tiene 30.000 letras, sino solo partes espec¨ªficas donde se encuentran las mutaciones que caracterizan a cada variante, en este caso la brit¨¢nica. La secuenciaci¨®n lleva algo m¨¢s de tres horas, con lo que el tiempo completo de an¨¢lisis es de unas tres horas y media, mucho menos de lo que se tarda habitualmente usando PCR y secuenciadoras convencionales. Los detalles del sistema se han publicado en la revista Med.

Este dispositivo se sumar¨ªa a otros que ya existen en el mercado y que han sido claves en el seguimiento de nuevas variantes. Un m¨¦todo desarrollado por la Universidad de Oxford se ha empleado en laboratorios de m¨®viles capaces de hacer tests r¨¢pidos en lugares remotos e incluso identificar las nuevas variantes.

La revolucionaria t¨¦cnica de edici¨®n gen¨¦tica CRISPR tambi¨¦n permite diagnosticar un contagio en 40 minutos. Hace apenas unos d¨ªas, cient¨ªficos del centro estatal de an¨¢lisis gen¨®mico de Nueva Delhi, en India, anunciaron en The Lancet un nuevo m¨¦todo de diagn¨®stico que usa CRISPR y que permite detectar un contagio y la variante de inter¨¦s en una hora y media y por un precio de unos 10 euros.

Un sistema desarrollado por el equipo de Juan Carlos Izpisua permite diagnosticar un contagio e identificar la variante en menos de cuatro horas

La ventaja del prototipo de Izpisua es que ser¨ªa capaz de detectar tambi¨¦n otros virus cuyos s¨ªntomas podr¨ªan confundirse con la covid, como la gripe y otros coronavirus distintos al SARS-CoV-2. ¡°La sensibilidad es comparable a los ensayos de PCR actuales¡±, explica Izpisua. ¡°La tasa estimada de falsos negativos es del 3,8% y la precisi¨®n estimada para la detecci¨®n del SARS-CoV-2 es del 93%¡±, a?ade. En esta investigaci¨®n tambi¨¦n ha participado la Universidad Cat¨®lica San Antonio de Murcia.

¡°En los pa¨ªses desarrollados como Espa?a la PCR no es un problema, no habr¨ªa necesidad de sustituirla por sistemas como este¡±, explica Carmen C¨¢mara, portavoz de la Sociedad Espa?ola de Inmunolog¨ªa. ¡°Pero este tipo de instrumentos permitir¨ªan hacer un seguimiento de las variantes mucho m¨¢s completo que el actual y de forma mucho m¨¢s r¨¢pida, lo que es muy importante. Aqu¨ª en Espa?a tenemos que hacer un seguimiento mucho mejor que el que hacemos¡±, destaca. ¡°Adem¨¢s, este tipo de dispositivos pueden ser fundamentales en el tercer mundo, donde no hay abundancia de PCR¡±, a?ade.

La Uni¨®n Europea recomienda que los pa¨ªses secuencien el genoma de al menos el 10% de todos los casos detectados por PCR, un objetivo del que Espa?a a¨²n est¨¢ lejos y que solo superan pa¨ªses como el Reino Unido o Dinamarca, que est¨¢n haciendo un especial esfuerzo de secuenciaci¨®n.

¡°Debido a la bajada de casos a nivel nacional ahora debemos estar ya secuenciando cerca del 5% de todos los casos positivos¡±, explica I?aki Comas, codirector del consorcio espa?ol que vigila los genomas del coronavirus. Comas destaca que a pesar de la bajada de infecciones Espa?a est¨¢ ¡°en un momento muy peligroso¡±. ¡°La vigilancia epidemiol¨®gica de las nuevas variantes es m¨¢s importante que nunca. A¨²n tenemos una gran parte de la poblaci¨®n que no est¨¢ vacunada y eso reduce la presi¨®n selectiva sobre el virus y le puede dar margen para encontrar soluciones nuevas, por ejemplo mutaciones que le permitan escapar a las vacunas¡±, resalta.

¡°Este tipo de dispositivos supone un paso adelante en la aplicaci¨®n de las t¨¦cnicas de secuenciaci¨®n masiva en el diagn¨®stico y caracterizaci¨®n de pat¨®genos¡±, opina Fernando Gonz¨¢lez Candelas, codirector del consorcio de secuenciaci¨®n espa?ol y genetista de la Universidad de Valencia. ¡°Funcionar¨¢ mejor con virus, pero podr¨ªa extenderse tambi¨¦n a bacterias, con algunas modificaciones¡±, resalta.

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