Superordenadores para rastrear genes

Kwang-I Yu, presidente de Paracel Inc., no est¨¢ dispuesto a decir qu¨¦ secreto organismo de EE UU compra sus superordenadores especializados. "Los vendemos a un organismo federal", dice con reparos. Pero J. Craig Venter, presidente de Celera Genomics, es menos circunspecto. Las m¨¢quinas de Paracel, declar¨®, las utiliza la Agencia Nacional de Seguridad, encargada de romper los c¨®digos para espiar a otras naciones. Y Venter deber¨ªa saberlo. Celera Genomics, la empresa que termin¨® el genoma humano, adquiri¨® Paracel por casi 250 millones de d¨®lares en junio.

Las m¨¢quinas de Paracel est¨¢n dise?adas para tamizar documentos r¨¢pidamente en busca de palabras, frases o secuencias de letras especiales; una habilidad de uso obvio para quienes filtran comunicaciones en busca de datos valiosos.Pero lo que atrajo a Celera es que la tecnolog¨ªa de Paracel tambi¨¦n es buena para romper otro c¨®digo: el gen¨¦tico. Las m¨¢quinas se est¨¢n apresurando a cribar el aluvi¨®n de datos generado por el Proyecto Genoma Humano y diversos esfuerzos gen¨®micos privados. "Son todas secuencias de caracteres", afirma Yu, comparando la secuencia gen¨¦tica con un mensaje de texto.

La necesidad de las m¨¢quinas de Paracel surge de la transformaci¨®n de la biolog¨ªa de una ciencia h¨²meda, realizada en los tubos de ensayo, a otra al menos en parte seca, en la que buena parte de los an¨¢lisis cruciales se realizan por ordenador. Esto ha dado lugar a un campo denominado bioinform¨¢tica, el uso de la ciencia inform¨¢tica en la biolog¨ªa.

Y la bioinform¨¢tica debe manejar vol¨²menes de datos tan ingentes que podr¨ªan poner de rodillas a los ordenadores corrientes. La velocidad es esencial, especialmente para analizar datos procedentes del Proyecto Genoma Humano, de financiaci¨®n p¨²blica, que pone a diario nuevas secuencias a disposici¨®n de todos en el GenBank, accesible por Internet. "Seg¨²n salen los nuevos datos sobre el genoma, queremos analizarlos lo m¨¢s r¨¢pidamente posible, ser el primero en hacer los descubrimientos, y proteger la propiedad intelectual", dice Martin D. Leach, director de bioinform¨¢tica de CuraGen, que utiliza la gen¨®mica para crear nuevos f¨¢rmacos.

IBM calcula que el mercado de soportes l¨®gicos e inform¨¢ticos para ciencias biol¨®gicas aumentar¨¢ de 3.500 millones de d¨®lares (665.000 millones de pesetas en la actualidad a m¨¢s de 9.000 millones (1,7 billones de pesetas) en 2002. Carolyn Kovac, que dirige una secci¨®n de ciencias naturales recientemente creada de IBM, dice que los bi¨®logos han reemplazado a los f¨ªsicos como principales cient¨ªficos usuarios de superordenadores.

La m¨¢quina GeneMatcher de Paracel est¨¢ especialmente construida para los investigadores gen¨®micos. Tiene 7.000 procesadores dispuestos de la forma m¨¢s apropiada para las secuencias de caracteres semejantes. Con un precio de 360.000 d¨®lares (68,4 millones de pesetas al cambio actual), el GeneMatcher resultar¨ªa muy caro para la inform¨¢tica de prop¨®sito general. Pero para la tarea para la que fue dise?ado, puede ser hasta 1.000 veces m¨¢s r¨¢pido que un ordenador Pentium, lo cu¨¢l lo hace rentable, seg¨²n Yu.El mercado para m¨¢quinas como el GeneMatcher, denominadas aceleradores gen¨®micos, es diminuto. Paracel vende s¨®lo uno o dos al mes, tan pocos de hecho que monta sus m¨¢quinas a mano en una sala de un rascacielos de oficinas.

Venter afirma que las m¨¢quinas de Paracel ser¨¢n importantes: "No hay universidad o empresa farmac¨¦utica que tenga la capacidad inform¨¢tica necesaria para tratar nuestros datos, o los datos gen¨®micos de cualquier otro".

Celera debe persuadir a las empresas para que paguen sus datos gen¨®micos cuando GenBank ofrece gratuitamente buena parte de los datos del genoma humano. Una forma de competir es ofrecer m¨¢s y mejores datos. Pero otra, seg¨²n Venter, es utilizar las m¨¢quinas de Paracel para ofrecer a los clientes de Celera b¨²squedas m¨¢s r¨¢pidas que las que podr¨ªan conseguir utilizando el GenBank.

Algunos expertos piensan que las granjas de servidores convencionales pueden llevar a cabo la tarea con menos coste que los aceleradores gen¨®micos y tambi¨¦n se pueden utilizar para otros fines. El Centro Nacional para Informaci¨®n sobre Biotecnolog¨ªa, que dirige el GenBank, utiliza unos 140 ordenadores convencionales unidos entre s¨ª. Seg¨²n un experto, es posible plantear el problema de manera que no sea necesario comparar todo con todo lo dem¨¢s incluido en la base de datos.