El Banco Nacional de ADN de Salamanca, con 'software' libre
El responsable de la unidad de Bioinform¨¢tica del Centro cree que el uso de programas libres ofrece m¨¢s posibilidades de adaptaci¨®n a tareas concretas
El Banco Nacional de ADN, situado en el Centro de Investigaci¨®n del C¨¢ncer (USAL-CSIC) de la Universidad de Salamanca funcionar¨¢ con software libre gracias a un acuerdo con Sun Microsystems, que ya el a?o anterior don¨® la plataforma para el proyecto del Genoma, por valor de 65.000 euros.
Gracias al acuerdo, los investigadores tienen a su disposici¨®n el software libre de uso m¨¢s com¨²n en aplicaciones de gesti¨®n, seguridad o trabajo en Red, dentro del Sistema Operativo en plataforma Linux 'Java Desktop System (JDS)'.
En el terreno de la bioinform¨¢tica avanzada y servidores de administraci¨®n, los investigadores del Centro utilizan sistemas GNU/Linux y plataformas LAMP. Asimismo, existen proyectos concretos como ClusterBlast, un sistema distribuido de c¨¢lculo de alineamientos de secuencias, y ProbeFinder, un navegador gen¨®mico que usan tecnolog¨ªas libres como URL o MING, las cuales permiten generar gr¨¢ficos vectoriales.
Diego Alonso, responsable de la unidad de Bioinform¨¢tica del Centro, explica que el uso de software libre ofrece m¨¢s posibilidades de adaptaci¨®n a tareas concretas: "La ayuda que ofrecen las comunidades desarrolladoras de cada pieza de software en forma de manuales, foros y comunicaciones directas con los autores es inmediata, sin trabas ni aranceles. Adem¨¢s, el uso de licencias de c¨®digo libre es una forma justa de devolver a la comunidad el trabajo que realizamos en un centro con fondos p¨²blicos".
Restos propietarios
Alonso reconoce que se siguen utilizando algunas aplicaciones de tipo propietario. La gesti¨®n inform¨¢tica de las muestras del banco Nacional de ADN se gestiona mediante una aplicaci¨®n basada en .NET y SQL Server, puesto que "hab¨ªa que respetar ciertos est¨¢ndares establecidos anteriormente". Tambi¨¦n la mayor¨ªa de los ordenadores y alg¨²n servidor tienen instalados sistemas operativos propietarios (Windows, Mac OS, Solaris). "A¨²n es dif¨ªcil que todos los usuarios sin muchos conocimientos inform¨¢ticos se adapten a sistemas libres".
El Centro de Investigaci¨®n del C¨¢ncer se cre¨® en 1997 siguiendo el modelo norteamericano de integrar investigaci¨®n competitiva y de excelencia sobre c¨¢ncer en tres niveles distintos: b¨¢sico, cl¨ªnico y aplicado.
Un resultado muy destacado ha sido la puesta en marcha, de un modelo de investigaci¨®n integral del c¨¢ncer que implica trabajo simult¨¢neo y coordinado, de manera que se facilita la informaci¨®n p¨²blica de los resultados de la investigaci¨®n sobre el c¨¢ncer.
CENTRO: www.cicancer.org SUN: www.sun.es
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