Lecciones de una mosca

Una mosca real es mucho mejor que un ¨¢ngel hipot¨¦tico, escribi¨® Emerson, y algo parecido debi¨® de pensar Craig Venter, el tibur¨®n cient¨ªfico norteamericano al que las quinielas dan por favorito en la carrera del genoma humano, cuando se lanz¨® hace ocho meses a descifrar el material gen¨¦tico de un organismo mucho menos aparente, la mosca de la fruta Drosophila melanogaster. Venter anunci¨® el jueves pasado que ya hab¨ªa acabado con la mosca, y que a partir de ahora concentrar¨¢ todos sus esfuerzos en ganar la carrera del genoma humano. Pero ni lo primero es exacto, ni lo segundo le resultar¨¢ tan f¨¢cil como se pensaba hasta ahora. Craig Venter es el presidente de Celera Genomics, una filial de la multinacional biotecnol¨®gica Parkin Elmer. Al igual que en el caso humano, en el genoma de la mosca las firmas privadas han entrado tard¨ªamente a competir con los consorcios p¨²blicos internacionales que iniciaron el proyecto. En Drosophila, ese consorcio est¨¢ compuesto por un instituto estadounidense, el Berkeley Drosophila Genome Project, dirigido por el bi¨®logo molecular Gerry Rubin, y diez laboratorios europeos asociados en el European Drosophila Genome Project (EDGP).

El responsable espa?ol del EDGP es el investigador Juan Modolell, del Centro de Biolog¨ªa Molecular de Madrid. Ayer comentaba: "Soy esc¨¦ptico ante el anuncio de Venter. Es imposible que haya completado el 100% del genoma de Drosophila, y no podr¨¢ ensamblar sus fragmentos en un mapa coherente sin utilizar nuestros m¨¦todos, los del consorcio p¨²blico".

La estrategia empleada por Venter se conoce en la jerga gen¨¦tica como shotgun (escopeta), y el nombre le viene bastante bien. Consiste esencialmente en romper el genoma (el conjunto de todos los genes de un organismo) en cientos de miles de fragmentos y luego descifrar cada fragmento. El nombre t¨¦cnico de este ¨²ltimo paso es secuenciaci¨®n, y supone determinar el orden exacto de las unidades que componen el ADN de cada fragmento, llamadas bases.

En lo que toca a la secuenciaci¨®n, Venter no tiene competencia. La misma firma Parkin Elmer a la que pertenece Celera Genomics es el l¨ªder mundial en el dise?o de m¨¢quinas de secuenciar ADN, y Venter dispone de suficientes aparatos de ese tipo como para llenar un edificio (y eso es lo que ha hecho, en efecto). Con los ¨²ltimos modelos, unos artilugios completamente autom¨¢ticos llamados ABI Prism 3.700, Venter es capaz de secuenciar entre 1.000 y 3.000 genes diarios.

Pero secuenciar es s¨®lo una parte del problema, y no la mayor. Como el propio Venter admiti¨® el jueves: "Hemos conseguido las piezas del puzzle, y ahora tenemos que montar el puzzle". Pero el puzzle de la mosca obtenido por Venter tiene cerca de dos millones de piezas, muchas de ellas repetidas hasta diez veces, otras perdidas.

"Venter no puede llegar as¨ª a completar el genoma", dice Modolell. "Como mucho, conseguir¨¢ un 70% o un 80%. El resto es precisamente lo m¨¢s dif¨ªcil".

Para Celera Genomics, Drosophila es sobre todo un banco de pruebas para demostrar a sus competidores, y a sus futuros clientes, que sus rapid¨ªsimos m¨¦todos son capaces de resolver el genoma de un organismo complejo de forma satisfactoria. Pero el santo grial es el genoma humano. Modolell a?ade a este respecto: "Si en Drosophila el shotgun ya presenta problemas serios, en humanos, con un genoma 20 veces mayor y plagado de repeticiones internas, los obst¨¢culos ser¨¢n probablemente insalvables".

Venter es consciente de estos problemas. Aunque el anuncio del jueves lo hizo en solitario, lo cierto es que ya en febrero hab¨ªa alcanzado un acuerdo con el consorcio p¨²blico norteamericano y europeo para colaborar en el ensamblado de sus secuencias. El consorcio, que utiliza m¨¦todos m¨¢s lentos pero m¨¢s ordenados, ya tiene muy avanzado un mapa con los postes kilom¨¦tricos necesarios para que Venter coloque sus piezas entre ellos. Si esta situaci¨®n se repite en el genoma humano, la encarnizada competici¨®n actual entre cient¨ªficos p¨²blicos y privados podr¨ªa verse abocada a relajar sus formas y abrir una v¨ªa a la colaboraci¨®n.

La mosca de Emerson todav¨ªa no es real. Y el ¨¢ngel, ni siquiera es a¨²n hipot¨¦tico.