Baile de cifras en el genoma

El n¨²mero de genes que esconde nuestro c¨®digo gen¨¦tico amenaza con convertirse en uno de los mayores retos cient¨ªficos para los investigadores del genoma humano. M¨¢s all¨¢ de su simbolismo, lo que est¨¢ en juego es la capacidad real de identificar la secuencia de letras con que se escribe cada uno de los genes, por lo que determinar su n¨²mero total se ha convertido en una aut¨¦ntica obsesi¨®n. Tras los resultados publicados en febrero por el Consorcio P¨²blico y por la compa?¨ªa Celera Genomics, que apuntaban que el genoma lo componen s¨®lo unos 30.000 genes, nuevos datos publicados por equipos independientes cuestionan esa cifra.

El n¨²mero total de genes, sugieren, podr¨ªa ascender a 40.000, cifra similar a la que algunos cient¨ªficos aventuraban meses antes de que se dieran a conocer los resultados oficiales de las investigaciones de Celera y del Consorcio P¨²blico, formado por instituciones p¨²blicas principalmente brit¨¢nicas y estadounidenses. Aumentan, por tanto, unos 10.000 genes respecto a las previsiones que, especialmente desde el tambi¨¦n llamado sector p¨²blico, se hab¨ªa considerado como la cantidad m¨¢s probable. Las nuevas cifras siguen quedando lejos de los 80.000 a 100.000 genes que durante una d¨¦cada entera la comunidad cient¨ªfica estim¨® como el n¨²mero acertado.

El primero de los estudios, publicado en el ¨²ltimo n¨²mero de la revista Cell, considerada la de mayor impacto en biolog¨ªa, compara los genomas obtenidos por ambos grupos. Y los resultados son sorprendentes. El 64% de las secuencias de letras que dan forma a los genes hallados por ambos grupos no coincide. O, dicho de otro modo, tan s¨®lo 15.000 de los genes dados por buenos en ambos genomas es coincidente.

Los autores del estudio, del Instituto de Gen¨®mica de la Fundaci¨®n Novartis para la Investigaci¨®n, consideran que el dato es, cuanto menos, 'sorprendente'. Lo esperable, indican, es que hubiera habido una mayor coincidencia.

De la discrepancia, los autores concluyen que los m¨¦todos inform¨¢ticos empleados para la predicci¨®n de genes son 'inadecuados' para ambos grupos y que sus respectivos genomas son 'individualmente incompletos'. Sin entrar a valorar cu¨¢l de los dos paquetes de genes es el que se corresponde con la realidad, Michael Cooke, uno de los firmantes, suger¨ªa ayer a The New York Times que, como fruto de la diferencia, se podr¨ªa llegar a estimar el n¨²mero total de genes. En su opini¨®n, para ello bastar¨ªa con sumar los cerca de 25.000 genes en los que se observa escasa o nula coincidencia entre ambos genomas y los 15.000 plenamente coincidentes.

La cifra resultante, 40.000, es similar a la que propone Christopher Burge, del Instituto de Tecnolog¨ªa de Massachussets (MIT) en la revista Genomics. Burge es director del proyecto Genscan, considerado el modelo inform¨¢tico m¨¢s eficaz para la predicci¨®n de genes.

M¨¢s coincidencias. Ian Dunham, coordinador de la secuenciaci¨®n del cromosoma 22 y uno de los investigadores m¨¢s destacados del laboratorio de Gen¨¦tica Humana del Sanger Center brit¨¢nico, aventur¨® p¨²blicamente la cifra de 40.000 en noviembre de 2000, tres meses antes de la publicaci¨®n de los resultados oficiales.

Para Craig Venter, m¨¢ximo responsable de Celera, los nuevos datos no suponen ning¨²n descr¨¦dito a su trabajo. 'Acabamos de empezar', afirmaba ayer a The Washington Post. Venter recuerda que sus predicciones iniciales, cifradas en cerca de 39.000 genes, incorporaban un paquete de unos 11.000 a 12.000 que deb¨ªan ser considerados 'hipot¨¦ticos'. En el art¨ªculo que public¨® en Science en febrero, ya advert¨ªa que s¨®lo para 26.588 genes exist¨ªa 'una fuerte evidencia', mientras que para el resto era menor.

Francis Collins, director del Instituto Nacional para el Genoma Humano de EE UU y coordinador del Consorcio P¨²blico, coincid¨ªa en declaraciones a The Washington Post con las conclusiones de Cooke: 'Es obvio que los m¨¦todos que usamos para identificar genes son a¨²n imperfectos'. Tanto Collins como Venter creen que se tardar¨¢ a?os en elucidar la cifra real de genes. 'Acabamos de iniciar la segunda fase del proyecto Genoma Humano', zanjaron.