"La bioinform¨¢tica ayudar¨¢ a personalizar las medicinas"
Carol Kovac es la directora mundial de la divisi¨®n Ciencias de la Vida de IBM
Los f¨¢rmacos individualizados est¨¢n cada d¨ªa m¨¢s cerca. Las ciencias biol¨®gicas y la inform¨¢tica trabajan juntas para conseguirlo. Ante la importancia que est¨¢ cobrando la bioinform¨¢tica en el descubrimiento de los mecanismos de las enfermedades y en el desarrollo de f¨¢rmacos adecuados para combatirlas, IBM est¨¢ potenciando su divisi¨®n Ciencias de la Vida, que dirige Carol Kovac.
La industria de los soportes l¨®gicos e inform¨¢ticos para las ciencias biol¨®gicas puede superar los 30.000 millones de d¨®lares en el a?o 2006. Crece a un ritmo anual del 20%.
Kovac ha visitado en Barcelona el CEPBA-IBM, uno de los ocho centros avanzados de la multinacional. Busca capital riesgo; "que nos ayude a construir la tecnolog¨ªa adecuada", se?ala. Un ejemplo de esta tecnolog¨ªa es deCODE Genetics, una compa?¨ªa que dispone de un conjunto de herramientas para analizar los datos gen¨¦ticos de la poblaci¨®n islandesa. "IBM tambi¨¦n desarrolla estas herramientas, pero deCODE est¨¢ aumentando el n¨²mero de herramientas que funcionan en la infraestructura de IBM, por ejemplo, en bases de datos DB2 y en Intelligent Miner".
Desarrollar un f¨¢rmaco y que salga al mercado cuesta 800 millones de d¨®lares y 15 a?os. ?C¨®mo reducir ese tiempo? "La ¨²nica forma de hacerlo es crear potentes herramientas inform¨¢ticas capaces de integrar el acceso y la prospecci¨®n a datos masivos".
El constante aumento de datos generados por experimentos, ensayos de f¨¢rmacos y otras fuentes, como los historiales m¨¦dicos y los tests de laboratorio, exige m¨¢s potencia inform¨¢tica y m¨¢s eficacia en la administraci¨®n de los datos.
Los m¨¦dicos prescriben un medicamento bas¨¢ndose en las estad¨ªsticas de los ensayos cl¨ªnicos. "El problema es que funcionan bien s¨®lo para una parte de la poblaci¨®n", admite. Kovac cree que ya ha comenzado la carrera hacia la personalizaci¨®n de las medicinas, gracias a la gen¨®mica y a la gesti¨®n intensiva de los m¨²ltiples tipos de datos de los pacientes.
"La promesa de la tecnolog¨ªa gen¨®mica para la medicina es la personalizaci¨®n de f¨¢rmacos. Cada invidividuo tiene unos genes que gobiernan el comportamiento del cuerpo en el tiempo y ven si es sensible a una enfermedad o no y el tratamiento adecuado".
De 2 a 1.000 empleados
"Esencialmente", contin¨²a, "la inform¨¢tica basada en la medicina es un reto de gesti¨®n de la informaci¨®n. deCODE Genetics est¨¢ identificando variaciones gen¨¦ticas y enlaz¨¢ndolas con una base de datos para encontrar tratamientos eficaces".
IBM no es novata en inform¨¢tica para la biolog¨ªa. "Vimos que es una de nuestras ¨¢reas en las que el crecimiento es m¨¢s r¨¢pido". En tres a?os, la divisi¨®n de Ciencias de la Vida ha pasado de dos empleados a un millar y ha invertido 200 millones de d¨®lares en el desarrollo de soluciones para el sector de las biociencias (empresas farmac¨¦uticas, hospitales y entidades que investigan las ciencias biol¨®gicas y el genoma humano en particular).
Durante este tiempo ha construido grandes infraestructuras en computaci¨®n de altas prestaciones: el mayor superordenador dedicado a estudiar las reacciones de las prote¨ªnas, en Canad¨¢; la nueva infraestructura de Celera Genomics que estudia el genoma humano y nuevas iniciativas para el descubrimiento de nuevos f¨¢rmacos; en Jap¨®n, el cluster de Linux (grupo de ordenadores independientes que se conectan entre s¨ª) m¨¢s grande del mundo, con 12 teraflops (un bill¨®n de operaciones por segundo): estudia c¨¦lulas biol¨®gicas. Tambi¨¦n construye el superordenador Blue Gene de un petaflop (1.000 billones de operaciones por segundo), que ser¨¢ el m¨¢s r¨¢pido del planeta. Misi¨®n compleja: estudiar las prote¨ªnas.
"Uno de los retos m¨¢s importantes no es cu¨¢nto m¨¢s grande puedes construir el cluster o si tienes suficiente potencia inform¨¢tica, sino que, por ejemplo, un director de investigaci¨®n de un laboratorio farmac¨¦utico deber¨¢ poner muchas piezas de informaci¨®n juntas (datos gen¨¦ticos, toxicol¨®gicos, modelado de mol¨¦culas, etc¨¦tera)".
Investigaci¨®n espa?ola
El CEPBA-IBM de Barcelona trabaja tanto en software que tanto ayuda a dise?ar el superordenador Blue Gene como colabora con investigadores espa?oles. Entre estos ¨²ltimos, el Centro Nacional de Informaci¨®n Oncol¨®gica y el Parque Cient¨ªfico de Barcelona (PIB).
Modesto Orozco, investigador del grupo de reconocimiento nuclear de la Universidad de Barcelona, utiliza los recursos de supercomputaci¨®n de varios centros para los c¨¢lculos de simulaci¨®n del comportamiento de prote¨ªnas y ¨¢cidos nucleicos en condiciones extremas, el desarrollo y plegamiento de prote¨ªnas, la interacci¨®n de prote¨ªnas en f¨¢rmacos y las prote¨ªnas intr¨ªnsecamente inestables. Para una sola unidad de computaci¨®n el volumen de c¨¢lculo representar¨ªa un a?o seguido.
Orozco destaca su contribuci¨®n al dise?o de f¨¢rmacos que saldr¨¢n al mercado (antiinflamatorios, contra el Alzheimer) y la predicci¨®n de nuevas formas de DNA. Ahora espera usar el centro de IBM para mejorar el software.
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