Descifrar el genoma humano por 800 euros

C omo parte de una campa?a intensiva para desarrollar una nueva generaci¨®n de m¨¢quinas que secuencien el ADN a precios enormemente reducidos, los cient¨ªficos est¨¢n descifrando un nuevo genoma humano, el de James D. Watson, codescubridor de la estructura del ADN y primer director del proyecto genoma humano, financiado por los National Institutes of Health (NIH) estadounidenses.

Descifrar el genoma de una persona es ahora demasiado caro para ser un procedimiento m¨¦dico factible. Pero el objetivo que persiguen los NIH y varios fabricantes, incluida la empresa que est¨¢ descifrando el ADN de Watson, es reducir los costes de descifrar un genoma humano hasta s¨®lo 800 euros. A ese precio, podr¨ªa valer la pena descifrar el genoma de personas con determinadas afecciones m¨¦dicas y, alg¨²n d¨ªa, incluso como m¨¦todo ordinario al nacer. El descifrado barato podr¨ªa llevar la era de la gen¨®mica a la consulta m¨¦dica, pero tambi¨¦n plantear¨ªa dudas acerca de c¨®mo proteger e interpretar un informaci¨®n tan delicada y de tama?a importancia.

La tecnolog¨ªa, no la medicina, est¨¢ tras el desarrollo de las nuevas m¨¢quinas

Se est¨¢ descifrando el genoma de Watson, codescubridor de la estructura del ADN

El primer genoma humano, descifrado por un consorcio p¨²blico de universidades en 2003, cost¨® m¨¢s de cuatro millones de euros. Seg¨²n los expertos, con la misma tecnolog¨ªa, dependiente de las m¨¢quinas secuenciadoras de ADN fabricadas por Applied Biosystems, un genoma humano podr¨ªa descifrarse por entre ocho y 11 millones de euros.

Se espera una eficacia mucho mayor de la nueva generaci¨®n de secuenciadoras de ADN, basadas en tecnolog¨ªas distintas, altamente miniaturizadas. Una m¨¢quina, fabricada por 454 Life Sciences, lleva en el mercado desde marzo de 2005. Otra, fabricada por Solexa, empezar¨¢ su andadura este verano. Applied Biosystems empezar¨¢ a comercializar su propia secuenciadora de segunda generaci¨®n en 2007.

Este verano, en un curso de formaci¨®n organizado por el Cold Spring Harbor Laboratory de Long Island (EE UU), los investigadores aprend¨ªan a usar las m¨¢quinas para secuenciar ADN fabricadas por 454 Life Sciences. Con aspecto de h¨ªbrido entre lavadora e iPod gigante, cada equipo cuesta unos 400.000 euros, sin contar los programas inform¨¢ticos necesarios para analizar los resultados.

En el curso, el proyecto era analizar el ADN de un diablo de Tasmania, un marsupial afectado de una misteriosa enfermedad denominada tumor facial del diablo de Tasmania. Los investigadores descubrieron que el genoma estaba cargado con un virus que hab¨ªa integrado su secuencia en el ADN del diablo.

La m¨¢quina 454 puede montar peque?os genomas como los de las bacterias, lo que tal vez explique la presencia en el curso de tres cient¨ªficos del Departamento de Seguridad Interior. Pero el genoma humano es unas 600 veces mayor que el de una bacteria, e incluye muchas secuencias repetitivas que dificultan mucho la soluci¨®n.

En el curso de Cold Spring Harbor, los investigadores oyeron contar a Watson, director del laboratorio, que 454 Life Sciences le hab¨ªa pedido permiso para secuenciar su genoma con la m¨¢quina. Hasta la fecha s¨®lo se han secuenciado dos genomas humanos. El descifrado por el consorcio p¨²blico era un mosaico de ADN de varias personas an¨®nimas. El rival del consorcio, Celera Genomics, prepar¨® un borrador de secuencia, en su mayor parte formada por el genoma de su ex presidente, J. Craig Venter. Watson explic¨® a los alumnos que hab¨ªa dado a la empresa permiso para publicar la secuencia de su genoma, "siempre que no divulguen al mundo que tengo alguna enfermedad de la que no quiero enterarme". La informaci¨®n gen¨®mica ya puede revelar mucho, y revelar¨¢ mucho m¨¢s a medida que se descubra la funci¨®n de nuevos genes. "Pienso que lo normal ser¨ªa mantener en secreto la informaci¨®n gen¨¦tica personal", afirma Watson. "Pero he dicho a 454 que puede publicar la m¨ªa, aunque indique algo acerca de la de mis hijos".

De momento, 454 Life Sciences no ha publicado el genoma de Watson, y no est¨¢ claro cu¨¢nto ha avanzado la empresa. Christopher K. McLeod, su director general, declara que "t¨¦cnicamente hemos avanzado mucho en el trabajo", pero, a?ade, "no deseamos comentar en qu¨¦ punto nos encontramos". McLeod expresa reservas acerca de la publicaci¨®n de informaci¨®n gen¨¦tica personal, a pesar de tener el permiso de Watson para hacerlo.

Una raz¨®n podr¨ªa ser que la empresa est¨¢ desarrollando un modelo m¨¢s potente de su m¨¢quina, capaz de leer fragmentos de ADN con una longitud de 200 o incluso 400 unidades. Esto deber¨ªa facilitar el descifrado de genomas grandes, como el de los humanos. En la actualidad, la m¨¢quina la compran principalmente investigadores y los grandes centros de secuenciaci¨®n de genoma creados por el consorcio p¨²blico. Pero ha empezado a resultar prometedora para la pr¨¢ctica cl¨ªnica, por ejemplo en el an¨¢lisis de tumores. El detectar qu¨¦ mutaci¨®n se ha producido en el tumor de un paciente puede ayudar a escoger la quimioterapia.

Aunque el modelo 454 es la ¨²nica secuenciadora de ADN de segunda generaci¨®n existente en el mercado, ahora se le unir¨¢ la m¨¢quina de Solexa, que costar¨¢ unos 316.000 euros y funciona con unos principios similares. Y el a?o pr¨®ximo Applied Biosystems introducir¨¢ su m¨¢quina de segunda generaci¨®n, basada en tecnolog¨ªa desarrollada por George Church, de Harvard, afirma Dennis A. Gilbert, director cient¨ªfico de la empresa. Cada uno de los fabricantes afirma que su tecnolog¨ªa ofrece ventajas especiales.

David Bentley, director cient¨ªfico de Solexa, afirma que la m¨¢quina secuenciadora de la empresa ya ha descifrado varios genomas de bacterias y que la empresa tiene previsto secuenciar un genoma humano. En opini¨®n de Bentley, a¨²n falta mucho para que exista una demanda de secuenciaciones completas del genoma, pero no tanto como para que sea demasiado pronto para pensar en las consecuencias que puede tener el generar dicha informaci¨®n. Se muestra partidario de que dos personas controlen el acceso a la secuencia gen¨¦tica de un ser humano: el paciente y el m¨¦dico.

La tecnolog¨ªa, no la medicina, es la fuerza inmediata que act¨²a tras el desarrollo de las nuevas m¨¢quinas. Se est¨¢n creando nuevas secuenciadoras porque es posible, no porque los hospitales las demanden. Pero los fabricantes esperan que la demanda crezca a medida que los investigadores encuentren nuevos usos. Ahora los m¨¦dicos s¨®lo analizan un pu?ado de genes, y las pruebas espec¨ªficas para esos genes hacen innecesario descifrar todo el genoma de una persona. Pero en alg¨²n momento, las nuevas m¨¢quinas o sus sucesoras tal vez conviertan el descifrado del genoma en una prueba m¨¦dica habitual.

? The New York Times.