¡°No hay una cura para el c¨¢ncer. Habr¨¢ muchas¡±

No hay ni una sola probeta en el laboratorio de la bi¨®loga N¨²ria L¨®pez-Bigas (Monistrol de Montserrat, 1975), recientemente galardonada con el Premio Fundaci¨®n Banco Sabadell a la Investigaci¨®n Biom¨¦dica. Tampoco viste de bata blanca. ¡°Es que trabajo con ordenadores¡±, justifica. El jurado le concedi¨® el premio por ¡°desarrollar m¨¦todos bioinform¨¢ticos para estudiar el genoma del c¨¢ncer¡±. La investigadora de la Universitat Pompeu Fabra (UPF) y su equipo de Gen¨®mica Biom¨¦dica crean m¨¦todos computacionales para identificar alteraciones gen¨¦ticas vinculadas a la aparici¨®n del c¨¢ncer. De ah¨ª que en su centro de operaciones, en una planta del colosal Parque de Investigaci¨®n Biom¨¦dica de Barcelona, solo haya potentes ordenadores con cientos de miles de n¨²meros que discurren en fila india por las pantallas.

Pregunta. ?Qu¨¦ hace una bi¨®loga programando algoritmos inform¨¢ticos?

Respuesta. Hoy en d¨ªa generamos una gran cantidad de datos a trav¨¦s de las t¨¦cnicas de secuenciaci¨®n masiva del genoma de las c¨¦lulas y no hay otra manera de analizarlos si no es con programas bioinform¨¢ticos.

P. ?Qu¨¦ busca?

R. Lo que m¨¢s nos interesa es encontrar mutaciones que causan tumores. Cuando secuenciamos un tumor tiene miles de mutaciones y la mayor¨ªa de estas no tienen un papel relevante en causar la enfermedad. Lo que nos interesa es localizar las mutaciones causantes y esto lo tenemos que hacer con programas bioinform¨¢ticos: analizamos cientos o miles de tumores e intentamos encontrar un patr¨®n de mutaciones en los genes que nos indican que estas se han acumulado all¨ª porque son causantes del tumor.

P. ?C¨®mo lo hace?

R. Primero conseguimos los datos, los genomas. Y luego, buscamos la forma de analizar estos datos para que nos d¨¦ informaci¨®n de donde est¨¢n las mutaciones driver [conductoras del tumor]. Lo hacemos a trav¨¦s de algoritmos que miran los patrones de mutaciones de todos los genes y detectan las llamadas se?ales de selecci¨®n positiva, que dan ventaja a las c¨¦lulas para reproducirse de forma exagerada. Buscamos un algoritmo que nos ayude a hacer esto.

Lo que m¨¢s nos interesa es encontrar mutaciones que causan tumores"

Es un proceso laborioso. Y una vez tenemos los resultados hay que mirarlos, ver si tienen sentido, si nos est¨¢ detectando cosas adecuadas y entender qu¨¦ es ese gen con una mutaci¨®n driver.

P. ?Cu¨¢ntas mutaciones gen¨®micas causantes de tumores han detectado?

R. En un estudio que publicamos el a?o pasado analizamos genomas de 7.000 tumores de 28 tipos distintos y encontramos 459 genes con mutaciones causantes del c¨¢ncer.

P. ?Hay alguna forma de evitar estas mutaciones?

R. Las mutaciones ocurren al azar, por muchas razones. No se puede controlar d¨®nde ocurren, aunque esto se ve aumentado por exposici¨®n a luz ultravioleta, el tabaco¡­ El caso es que ocurren y pueden caer en sitios clave que le dan esa ventaja selectiva a la c¨¦lula para empezar a dividirse descontroladamente. Las que buscamos nosotros son estas que le dan la propiedad a la c¨¦lula de dividirse de forma descontrolada.

P. ?Hay alg¨²n gen en concreto que repita un patr¨®n en distintos tumores?

R. El TP53 es el gen m¨¢s frecuentemente mutado en los tumores. Est¨¢ presente en un 45% de los ellos. Dependiendo del tejido vemos un patr¨®n de mutaci¨®n u otro. La frecuencia de mutaciones en genes driver depende m¨¢s del tipo de tejido: hay frecuencias distintas, pero hay genes compartidos en distintos tipos de c¨¢ncer.

P. ?Cu¨¢ntas mutaciones driver les faltan por encontrar?

R. La sensaci¨®n es que nos faltan muchos. Hemos analizado 28 tipos de tumores, que no son todos. Adem¨¢s, hasta el momento hemos estudiado las regiones codificantes del ADN (donde est¨¢n los genes que codifican las prote¨ªnas) y eso representa un 2% de todo el genoma. Pero falta el 98% del genoma no codificante, donde todav¨ªa no hemos mirado.

P. La revoluci¨®n de la secuenciaci¨®n gen¨®mica del c¨¢ncer ha revelado que ning¨²n tumor es igual a otro, aunque sea en el mismo tejido. ?Las alteraciones gen¨¦ticas lo definen todo?

R. Todo no. Definen muchas cosas. En nuestro cuerpo tenemos algunas c¨¦lulas que pueden tener alteraciones y no est¨¢n desarrollando un tumor. Hay muchas cosas que no sabemos, pero s¨ª es cierto que estas alteraciones gen¨®micas est¨¢n en la base de las causas moleculares del tumor.

P.??La clasificaci¨®n de tumores por tejidos se ha quedado obsoleta?

Encontramos 459 genes con mutaciones causantes del c¨¢ncer, pero la sensaci¨®n es que nos faltan muchos"

R. S¨ª, no es suficiente. Hay que ir un poco m¨¢s all¨¢. Es una informaci¨®n que no se puede ignorar , pero cada vez es m¨¢s necesario clasificar el tumor sobre la base de las alteraciones gen¨®micas que tiene porque esto te est¨¢ diciendo qu¨¦ cosas no est¨¢n funcionando dentro de las c¨¦lulas. Cuando no sabes lo que est¨¢ funcionando tambi¨¦n te da una pista a saber revertirlo, y de hecho hay tratamientos de c¨¢ncer dirigidos a revertir algunas cosas muy concretas.

P. En la causa est¨¢ la cura.

R. S¨ª, en la causa est¨¢ el primer paso para encontrar una cura. El hecho de entender qu¨¦ es lo que est¨¢ en la base de la causa molecular del tumor te da una pista para saber cu¨¢l puede ser la manera para revertir esto.

P. La comunidad cient¨ªfica ha desechado la idea de erradicar el c¨¢ncer. Habla de intentar cronificarlo.

R. Hay dos complejidades: a nivel poblacional es muy heterog¨¦neo y adem¨¢s, por dentro, cada tumor est¨¢ en movimiento y evolucionando. T¨² puedes tratar este tumor y erradicarlo o pararlo o hacerlo desaparecer, pero al cabo de un tiempo puede volver a evolucionar porque desarrolla resistencia.

P. ?Qui¨¦n evoluciona m¨¢s r¨¢pido: el c¨¢ncer o la investigaci¨®n oncol¨®gica?

R. Se est¨¢ avanzando much¨ªsimo. Lo que pasa es que hay mucha heterogeneidad y por eso no es posible hablar de una cura para el c¨¢ncer. No hay una cura para el c¨¢ncer ni la habr¨¢. Habr¨¢ muchas.

P. ?Cu¨¢nto tardan ustedes en ver sus hallazgos aplicados en la pr¨¢ctica cl¨ªnica?

R. Lo que hacemos tiene aplicaciones por dos partes: publicamos los genes que detectamos, que son posibles dianas terap¨¦uticas para el desarrollo de terapias. Y adem¨¢s, hoy se utilizan datos gen¨®micos para tomar una decisi¨®n m¨¦dica: se detecta el tumor, se diagnostica, se biopsia, se secuencia, se detectan mutaciones y con ellas se toma una decisi¨®n para saber cu¨¢l es el mejor tratamiento. Estamos desarrollando un programa que analiza estas mutaciones y provee de informaci¨®n sobre cu¨¢les son las mutaciones driver y cu¨¢les son las terapias que podr¨ªan estar funcionando para este tipo de alteraciones.