El Barcelona Supercomputing Center processa les mutacions del coronavirus a la recerca d¡¯una vacuna

El Barcelona Supercomputing Center dedica la seva for?a de c¨¤lcul a lluitar contra el coronavirus. Els equips de recerca del supercomputador analitzen les divereses soques del virus i les seves mutacions d'animals a humans amb la col¡¤laboraci¨® de l'institut de recerca contra el VIH IrsiCaixa i la multinacional Grifols, en un projecte que requerir¨¤ al voltant de dos milions d'euros amb l'objectiu d'ajudar en la recerca d'una vacuna. El BSC tamb¨¦ utilitza la bioinform¨¤tica per fer simulacions amb diferents f¨¤rmacs per tractar la malaltia i col¡¤labora en un projecte internacional de big data d'IBM i la Unicef que busca donar consells als pa?sos que encara no pateixen de ple la pand¨¨mia. El sincrotr¨® ALBA, tamb¨¦ infraestructura p¨²blica per a la recerca, ha obert una convocat¨°ria per cedir les seves instal¡¤lacions a la lluita contra la Covid-19.

¡°Busquem dissenyar vacunes que puguin ser efectives no nom¨¦s amb el SARS-CoV2, sin¨® tamb¨¦ amb altres coronavirus que puguin saltar a l'esp¨¨cie humana en el futur¡±, explica el director del grup de Virologia i Immunologia Cel¡¤lular d'IrsiCaixa, Juli¨¤ Blanco. El supercomputador ¨¦s capa? de generar estructures tridimensionals de les prote?nes del virus ¨Ca partir de la seq¨¹¨¨ncia del seu genoma, disponible en bases de dades p¨²bliques¨C i de les c¨¨l¡¤lules receptores del tracte respiratori hum¨¤. L'objectiu ¨¦s esbrinar quines prote?nes poden evitar la transmissi¨® per utilitzar-les en una futura vacuna.

El BSC i IrsiCaixa han creat un consorci amb l'Institut de Recerca i Tecnologia Agroaliment¨¤ries (IRTA) de la Generalitat, que disposa de dades sobre el comportament en animals de soques dels coronavirus anteriors. El responsable del Departament de Ci¨¨ncies de la Vida del BSC, Alfonso Valencia, estima que la investigaci¨® requerir¨¤ una inversi¨® d'uns dos milions d'euros. Grifols, que just ahir va anunciar que recollir¨¤ plasma de pacients que han superat la infecci¨® per tractar malalts, t¨¦ previst fer p¨²blica la seva aportaci¨® en els propers dies. L'IRTA disposa d'un laboratori de bioseguretat on es poden fer assajos amb animals.

Una altra l¨ªnia d'investigaci¨® del BSC ¨Cque prioritza aquests dies les operacions relacionades amb el coronavirus¨C ¨¦s la recerca de f¨¤rmacs per inhibir les prote?nes v¨ªriques que causen la Covid-19. Aquesta t¨¨cnica intenta reproduir a l'ordinador l'efecte que milers de compostos qu¨ªmics pot tenir sobre el virus, de manera que proporciona hip¨°tesis probables als laboratoris i acota els experiments. Valencia explica que el centre de computaci¨® disposa d'un algoritme propi amb ¡°molt ¨¨xit i reconeixement¡± en la recerca de f¨¤rmacs contra el VIH. Per a aquesta investigaci¨® el BSC ha aconseguit 250.000 euros del programa europeu Horizon 2020.

¡°La vacuna ¨¦s l'objectiu final, per¨° no la tindrem a curt termini¡±, reconeix Blanco. Per aquest motiu IrsiCaixa aprofita les seves tres d¨¨cades lluitant contra el VIH per buscar tamb¨¦ f¨¤rmacs antivirals i anticossos sint¨¨tics que puguin ajudar els malalts a superar la malaltia. Aix¨ª detalla el proc¨¦s que seguir¨¤ la investigaci¨® abans de poder aplicar-se a humans. ¡°Primer avaluem els f¨¤rmacs al supercomputador, despr¨¦s els provar¨ªem in vitro i despr¨¦s amb models d'animals¡±.

Tot i que el supercomputador MareNostrum 4 mant¨¦ la seva activitat normal durant el confinament perqu¨¨ la seva gesti¨® ¨¦s en remot, el sincrotr¨® ALBA ha tancat les seves instal¡¤lacions fins al 25 d'abril. No obstant aix¨°, ha obert una convocat¨°ria expr¨¦s per posar-se a la disposici¨® de la comunitat cient¨ªfica internacional i podria reprendre l'activitat si hi ha candidats. Un dels seus feixos de llum permet fer una mena de TAC cel¡¤lular sense haver de tallar la c¨¨l¡¤lula, com passa amb els microscopis electr¨°nics. ¡°Es podria veure com eren les c¨¨l¡¤lules del pulm¨® abans i despr¨¦s d'infectar-se¡±, explica la cap de la secci¨® de Ci¨¨ncies de la Vida d'ALBA, Judith Juanhuix. Una altra feix de llum permet trobar l'estructura gaireb¨¦ at¨°mica de les prote?nes que conformen l'estructura del virus. Tenint en compte les restriccions per viatjar, Juanhuix explica que, en cas de poder enviar les mostres a Barcelona, alguns experiments es podrien plantejar en remot.

¡°Aquesta crisi portar¨¤ a compartir m¨¦s dades i algoritmes¡±

L'investigador del grup d'Intel¡¤lig¨¨ncia Artificial d'Alt Rendiment (HPAI) del BSC Sergio ?lvarez preveu que la crisi del coronavirus ¡°portar¨¤ a compartir m¨¦s dades i algoritmes¡± entre els cient¨ªfics. En col¡¤laboraci¨® amb Dar¨ªo Garcia, del mateix grup, participen volunt¨¤riament en un projecte que recull dades de la pand¨¨mia, a Barcelona, T¨°quio i Nova York, de tot tipus: mobilitat, salut mental, economia i esdeveniments socials, entre d'altres. L'objectiu ¨¦s tenir una gran base de dades que, a trav¨¦s d'an¨¤lisis, permeti valorar l'efic¨¤cia de les mesures de confinament per ajudar pa?sos que encara no pateixen els efectes de pand¨¨mia en la presa de decisions. ?s un projecte d'IBM i Unicef en el qual participen 30 organitzacions d'arreu del m¨®n.