Las guerras del genoma resurgen con la revisi¨®n de los datos publicados en febrero

La rivalidad entre los dos equipos que han secuenciado el genoma humano se ha desatado nuevamente, y algunos bi¨®logos del proyecto p¨²blico afirman que el m¨¦todo que usaba Celera, su rival comercial, fracas¨® y en realidad se bas¨® en el m¨¦todo del consorcio p¨²blico para montar su propia versi¨®n del genoma. Algunos cient¨ªficos extienden sus cr¨ªticas al genoma de la mosca, completado por el mismo m¨¦todo en febrero de 2000. Por su parte, investigadores del instituto de Craig Venter, el fundador de Celera, han criticado la declaraci¨®n, en su opini¨®n precipitada, que hizo el consorcio p¨²blico en febrero, sobre la presencia en el genoma humano de genes procedentes de bacterias.

Los directivos de Celera han declarado tajantemente que su m¨¦todo ha funcionado correctamente. El litigio sobre los datos es una escaramuza en una guerra mayor, la de qu¨¦ m¨¦todo merecer¨¢ m¨¢s cr¨¦dito cuando el genoma humano se complete por fin. Ambos bandos publicaron versiones provisionales del genoma en revistas cient¨ªficas rivales en febrero pasado y est¨¢n ahora lanzando cr¨ªticas contra sus rivales.

En una serie de mensajes electr¨®nicos y en una conferencia p¨²blica pronunciada el mes pasado en Harvard, Eric Lander, uno de los tres principales l¨ªderes del consorcio, ha rechazado el m¨¦todo shotgun (desmenuzamiento y posterior ensamblaje) propugnado por el presidente de Celera, Craig Venter. Lander es director del Instituto Whitehead de Boston. El m¨¦todo shotgun 'fue un fracaso', escribi¨® Lander en un mensaje electr¨®nico. 'Celera no produjo independientemente una sola secuencia del genoma. Fue a remolque' de los esfuerzos del consorcio, afirm¨®. Venter no es menos incisivo. 'Pensamos que lo que Eric dice no tiene ninguna legitimidad', afirm¨®, 'y no entendemos por qu¨¦ lo dice'.

Datos p¨²blicos

Celera no ocult¨® que, para ahorrar tiempo y dinero, hab¨ªa descargado los datos parcialmente montados por el consorcio, que estaban a disposici¨®n p¨²blica. Despu¨¦s hab¨ªa desmenuzado los datos, los hab¨ªa mezclado con los suyos y reensamblado todo el conjunto con su propio m¨¦todo. La acusaci¨®n de Lander es que los datos p¨²blicos desmenuzados conservaban la informaci¨®n sobre la posici¨®n que ocupaban en el montaje del consorcio, sin lo cual el m¨¦todo de Celera habr¨ªa fracasado.

Otros bi¨®logos universitarios est¨¢n de acuerdo con las cr¨ªticas de Lander o creen por diferentes razones que el m¨¦todo de Celera no era v¨¢lido. 'Estoy de acuerdo con lo que dice Eric y hab¨ªa llegado por mi cuenta a la misma conclusi¨®n', afirm¨® Philip Green, bi¨®logo computacional que cre¨® dos programas est¨¢ndar utilizados por los investigadores del genoma, 'de que los datos desmenuzados retienen la informaci¨®n sobre el orden de la secuencia, hasta el punto de que casi se puede reconstruir a la perfecci¨®n la secuencia original'.

Pero Venter afirm¨® que hab¨ªa desmenuzado los datos del consorcio espec¨ªficamente para que perdiesen la informaci¨®n de su situaci¨®n porque sospechaba que los datos estaban mal montados en algunas partes. Eugene W. Myers, un matem¨¢tico que es el principal arquitecto de los programas inform¨¢ticos de Celera, afirm¨® que el argumento de Lander de que los datos desmenuzados conservaban la informaci¨®n sobre la posici¨®n de los trozos era falsa: 'Lo dif¨ªcil es decidir qu¨¦ superposiciones son correctas y cu¨¢les no. Es una afirmaci¨®n rid¨ªcula que obvia por completo la complejidad del problema', afirm¨®. Como prueba de que el m¨¦todo de montaje shotgun habr¨ªa funcionado casi tan bien sin los datos p¨²blicos desmenuzados, Myers afirma que ha montado el genoma del rat¨®n, que es aproximadamente del mismo tama?o que el humano, utilizando s¨®lo datos de Celera, con resultados muy similares.

Gerald M. Rubin, un bi¨®logo que trabaja en la mosca del vinagre, ha afirmado que la ¨²nica forma de evaluar la verdad de la acusaci¨®n de Lander es analizar c¨®mo se han utilizado los datos del consorcio en el ordenador de Celera. Todav¨ªa no se dispone de esos detalles. Pero el m¨¦todo shotgun hab¨ªa funcionado 'inequ¨ªvocamente', afirm¨® Rubin, para el montaje de un genoma de menor tama?o, el de la mosca del vinagre, un proyecto en el que ¨¦l colabor¨® con Celera, y ha afirmado que el montaje con ¨¦xito del genoma de rat¨®n confirmar¨ªa que el m¨¦todo tambi¨¦n hab¨ªa funcionado con el genoma humano. Sin embargo, otros bi¨®logos que han comparado 1.000 genes de la mosca del genoma de Celera con los genes ya conocidos han encontrado que s¨®lo el 29% de los genes se corresponden perfectamente y en un 45% los errores son importantes, informa Reuters.

Volviendo al genoma humano Green opina: 'M¨¢s del 20% del genoma no est¨¢ montado en absoluto o est¨¢ en peque?os fragmentos. Es simplemente un fracaso, no se pueden usar otras palabras'.

Celera se expuso a tales cr¨ªticas por la forma en que decidi¨® describir sus resultados del genoma. En el art¨ªculo que publicaron en Science en febrero, Venter y sus colaboradores afirman que montaron el genoma humano de dos formas, una mediante su m¨¦todo shotgun de secuenciaci¨®n del genoma con datos p¨²blicos a?adidos, y la otra mediante un m¨¦todo h¨ªbrido que expl¨ªcitamente se basaba en el m¨¦todo y los datos de Celera y del consorcio p¨²blico. Pero Venter pas¨® luego a basar todo el an¨¢lisis posterior y la identificaci¨®n de genes en la versi¨®n h¨ªbrida, dejando a un lado la versi¨®n shotgun.

A sus detractores les indigna este hecho -tradicionalmente, los cient¨ªficos interpretan sus propios datos, no los de otros-. Venter ha afirmado en una entrevista que las dos versiones del genoma eran muy similares, pero que hab¨ªa elegido la versi¨®n h¨ªbrida para su interpretaci¨®n porque era ligeramente m¨¢s completa. 'Nuestro objetivo era tener un genoma de la mayor calidad posible. No quer¨ªamos jugar a un est¨²pido juego acad¨¦mico', afirm¨®.