Las nuevas armas gen¨®micas contra la variante ¨®micron (eso tambi¨¦n es tecnolog¨ªa)

El domingo, un pasajero lleg¨® a Madrid infectado por un virus bajo vigilancia. El caso lo detect¨® un cribado de ant¨ªgenos en el mismo aeropuerto, y en apenas 24 horas un an¨¢lisis gen¨®mico confirm¨® que se trataba de la variante ¨®micron, que tres d¨ªas antes ni ten¨ªa nombre. La escena suena casi rutinaria, pero esconde tecnolog¨ªas imposibles hace una d¨¦cada.

Durante la pandemia hemos agradecido tener m¨¦dicos y cient¨ªficos, pero nos olvidamos de celebrar ciertos avances t¨¦cnicos. Imaginad lo que hubiesen sido estos dos a?os sin PCR, sin vacunas de ARN, o sin las m¨¢quinas que descifran genomas. Estos d¨ªas vemos a los pa¨ªses tomar precauciones porque se ha detectado una mutaci¨®n preocupante. Nos parece lo normal, pero esto es nuevo: aunque los virus mutan desde que en la Tierra existe vida (o no vida), solo hace dos d¨¦cadas que los humanos somos capaces de verlo.

¡°La primera bacteria se secuenci¨® en 1996¡å, me contaba I?aki Comas, bi¨®logo del Instituto de Biomedicina de Valencia (CSIC). ¡°Las nuevas tecnolog¨ªas que permiten un an¨¢lisis masivo empiezan en 2005. Pero su uso en epidemiolog¨ªa de pat¨®genos comenz¨® a despegar hace diez a?os y definitivamente hace cinco¡±.

Nunca se hab¨ªa seguido un virus como ahora. Hay decenas de pa¨ªses tomando millones de muestras y analizando su genoma completo (el conjunto de letras que lo define, con todas sus mutaciones). Esa informaci¨®n se comparte luego en bases de datos abiertas, como Nextstrain o Covariants, para escrutar sus cambios y seguir su propagaci¨®n espacial y temporal. En Dinamarca, que es uno de los pa¨ªses de referencia, est¨¢n secuenciando el 80% de todos los casos conocidos de covid, hasta 10.000 secuencias por semana.

La variante ¨®micron se ha detectado as¨ª. Unos cient¨ªficos de Sud¨¢frica vieron subir los casos y al secuenciar el virus se encontraron una constelaci¨®n de mutaciones inquietantes. La ¨®micron tiene alteraciones que pueden hacerla, quiz¨¢s, m¨¢s contagiosa y elusiva al sistema inmune. Estos datos se recogieron y circularon en cuesti¨®n de d¨ªas, que es otra innovaci¨®n, como explica Comas: ¡°La secuenciaci¨®n la podemos hacer casi en tiempo real. No te dice lo que pas¨®, sino lo que est¨¢ pasando. Tiene un impacto directo en el control epidemiol¨®gico: la identificaci¨®n temprana de variantes como alfa, delta u ¨®micron son un ejemplo claro. Es un potencial que en la investigaci¨®n conoc¨ªamos, pero que ha necesitado una pandemia para materializarse¡±.

A estos m¨¦ritos de la gen¨®mica hay que sumar otro: la secuenciaci¨®n del virus trajo las primeras vacunas de mRNA.

En enero de 2020, unos cient¨ªficos chinos tomaron una muestra de un paciente de la misteriosa enfermedad, para secuenciar todo lo que hubiese all¨ª: ¡°Nos llev¨® menos de 40 horas. Fue muy, muy r¨¢pido¡±, explic¨® luego el profesor Zhang Yongzhen. Encontraron un nuevo coronavirus y consiguieron su c¨®digo gen¨¦tico, que un colega australiano comparti¨® en una base de datos, con este tuit hist¨®rico del 11 de enero de 2020. Ese mismo d¨ªa, a miles de kil¨®metros, los equipos de Moderna y Pfizer¨CBioNTech empezaron a trabajar para traer las vacunas m¨¢s r¨¢pidas de la historia.

La expectativa es que en los pr¨®ximos a?os las aplicaciones se multipliquen.

Por ejemplo, la secuenciaci¨®n volver¨¢ a ser un salvavidas si el virus consigue mutar para escapar a las vacunas actuales. Me lo record¨® Marta Tortajada, investigadora de la compa?¨ªa ADM Biopolis: ¡°Secuenciar ser¨¢ la base para actualizarlas. Conocer los cambios del virus es lo que nos permite modificar su dise?o para que mantengan toda la efectividad¡±.

Hay secuenciadores port¨¢tiles que se podr¨¢n usar en vigilancia epidemiol¨®gica donde haga falta responder deprisa, aunque sean lugares sin laboratorios cerca. Podemos fantasear con un rastreo futurista, que trace las cadenas de infecci¨®n sabiendo con certeza qui¨¦n contagi¨® a qui¨¦n. La tecnolog¨ªa pr¨¢cticamente est¨¢ aqu¨ª: el primer caso de ¨®micron en Espa?a, el que confirm¨® el lunes el hospital Gregorio Mara?¨®n, parece que se detect¨® con un dispositivo minION, que es un aparato no mucho m¨¢s grande que una USB.

Cuando le pido a Comas que haga futurismo, habla de usar la gen¨®mica para afrontar la resistencia a antibi¨®ticos de superbacterias, que es un problema grave y creciente. Leer ADN y ARN puede acabar siendo tan rutinario como una PCR. Y si es as¨ª, ?no acabaremos atacando cada infecci¨®n de manera doblemente individualizada? Tendremos el c¨®digo gen¨¦tico del pat¨®geno y el de su hospedador, que seremos t¨² o yo.

La paradoja con estos avances es que son menos visibles que un robot friegasuelos o una red social. La palabra tecnolog¨ªa nos trae a la cabeza televisores y tel¨¦fonos; o lo que hagan Apple, Google y Amazon. Pero tambi¨¦n es tecnolog¨ªa un portabeb¨¦s m¨¢s seguro, un panel solar diez veces m¨¢s eficiente, o est¨¢s m¨¢quinas que leen genomas, que ayudaron a traer las primeras vacunas y que ahora vigilan los trucos del virus.

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