La catarata de nuevos genes pone en evidencia la anarqu¨ªa en sus nombres

Las moscas del vinagre tienen armadillo; los ratones tienen betacatenina. Ambos son genes codificadores de prote¨ªnas que influyen en el desarrollo del embri¨®n en sus primeras fases. Sus secuencias de ADN son tan similares que los genetistas de la mosca y del rat¨®n se pusieron de acuerdo hace varios a?os en que son b¨¢sicamente el mismo. Pero las dos denominaciones persisten.

Los genetistas de la mosca del vinagre, con su inclinaci¨®n a dar nombres extravagantes a los genes, consideran que armadillo es una etiqueta perfecta para un gen que, cuando es defectuoso, da a los embriones de mosca un aspecto que recuerda a ese animal. Los genetistas del rat¨®n, por su parte, no ven raz¨®n para cambiar de denominaci¨®n a un gen que claramente pertenece a la familia de los genes de la catenina, la mayor¨ªa de cuyos miembros controla el contacto de c¨¦lula a c¨¦lula.

Dichas ri?as menores amenazan con impedir a los cient¨ªficos cosechar los prometidos beneficios de la secuencia del genoma humano. Fr¨¢giles egos interesados por nombrar a sus genes est¨¢n generando una situaci¨®n casi rid¨ªcula: las denominaciones m¨²ltiples parecen ser la norma, m¨¢s que la excepci¨®n, y genes sin relaci¨®n funcional entre s¨ª llevan a menudo el mismo nombre.

Establecer comparaciones entre genes similares en diferentes organismos y bases de datos es vital para los bi¨®logos que se esfuerzan por dar sentido a una informaci¨®n gen¨®mica creciente.

El mejor lenguaje 'Si queremos explorar la biolog¨ªa, necesitamos compartir mejor el lenguaje', afirma Judith Blake, del laboratorio Jackson (Maine, EE UU), que trabaja en la Base de Datos Central del Genoma del Rat¨®n. Los intentos de imponer denominaciones comunes a diferentes especialidades est¨¢n encontrando una dura resistencia, y los m¨¦todos que proponen dar a los genes n¨²meros de identidad ¨²nicos parece improbable que prosperen a no ser que las revistas cient¨ªficas obliguen a adoptar este sistema. Una coalici¨®n de importantes genetistas quiz¨¢ tenga la respuesta. El Consorcio de Ontolog¨ªa Gen¨¦tica (GO, siglas de Gene Ontology Consortium) est¨¢ estableciendo vocabularios controlados. ?stos permiten que un programa inform¨¢tico explore las bases de datos gen¨®micas y vinculen genes relacionados entre s¨ª utilizando palabras que describan sistem¨¢ticamente sus funciones, independientemente de c¨®mo se denominen los genes.

Alcanzar un consenso sobre toda la gama de importantes organismos de laboratorio podr¨ªa ser imposible. Acostumbrados a trabajar en relativo aislamiento, los investigadores que estudian diferentes especies se han habituado a sus respectivas tradiciones de denominaci¨®n gen¨¦tica.

A los genetistas de la mosca del vinagre, por ejemplo, les encantan los nombres llamativos: el gen hedgehog (erizo) produce una prote¨ªna se?alizadora que participa en diversos procesos del desarrollo, el lost in space (perdido en el espacio) gu¨ªa el crecimiento de las c¨¦lulas nerviosas. Y no tienen intenci¨®n de permitir que otros genetistas les estropeen la diversi¨®n. 'Tambi¨¦n se les puede dar un nombre memorable', argumenta un admirador de la mosca del vinagre, Michael Ashburner, del Instituto Europeo de Bioinform¨¢tica con sede en Hinxton (Cambridge, EE UU).

Dos talleres de nomenclatura internacionales, celebrados en 1997 y en 1999, llegaron a la conclusi¨®n de que, aparte de entre los mam¨ªferos, intentar estandarizar los nombres gen¨¦ticos entre especies carec¨ªa de sentido. 'Los genetistas preferir¨ªan compartir el cepillo de dientes a compartir la denominaci¨®n de un gen', admite Ashburner.

Controlar su uso Asignar denominaciones oficiales a los genes y controlar su uso subraya un esfuerzo por solucionar el problema. Los proyectos de secuenciaci¨®n de los genomas humano y del rat¨®n tienen comisiones de nomenclatura que colaboran entre s¨ª y hacen que sus respectivas comunidades se ci?an a las denominaciones acordadas. Pero en un momento en que investigadores de otros campos se pasan a la gen¨®mica, el consenso est¨¢ demostrando ser m¨¢s dif¨ªcil de alcanzar. 'Se ha convertido en una empresa mucho mayor', afirma Sue Povey, del University College London, que preside la Comisi¨®n de Nomenclatura Gen¨¦tica de la Organizaci¨®n para el Genoma Humano.

Las denominaciones pol¨¦micas dentro de una familia gen¨¦tica, que produce las enzimas que descomponen el alcohol, estuvieron sometidas a revisi¨®n durante m¨¢s de tres a?os antes de poder alcanzar un acuerdo.

Hay tambi¨¦n una concienciaci¨®n de que los genes pueden tener varias funciones, de forma que las denominaciones basadas en funciones conocidas hoy pueden provocar equ¨ªvocos en el futuro. 'Pasar¨¢n muchos a?os antes de que podamos ponernos de acuerdo en un conjunto de denominaciones', afirma Mark Boguski, vicepresidente de investigaci¨®n y desarrollo en Rosetta Inpharmatics, empresa que explota informaci¨®n gen¨®mica.

Algunos piensan que la respuesta est¨¢ en abandonar los nombres y referirse a los genes por n¨²meros de identidad ¨²nicos, confiando en los gestores de la base de datos para proporcionar v¨ªnculos entre los genes relacionados. La Base de Datos del Genoma del Rat¨®n ya lo hace as¨ª, asignando a cada gen un n¨²mero de identidad e incluyendo en una lista todas las secuencias de ADN depositadas en la base de datos del Banco Gen¨¦tico que est¨¢n relacionadas con ellos. Cada entrada tiene tambi¨¦n un n¨²mero de acceso.

Revistas cient¨ªficas

Pero aunque las principales revistas cient¨ªficas como Nature, Nature Genetics y Science, exigen a los autores que indiquen el n¨²mero de acceso al Banco Gen¨¦tico en los art¨ªculos que describen un gen por primera vez, parece improbable que avancen con rapidez hacia un sistema en el que se obligue a utilizar el n¨²mero de identidad. Y sin dicho sistema, parece improbable que los n¨²meros gen¨¦ticos resuelvan el problema. M¨¢s que intentar imponer un sistema homologado de denominaciones o n¨²meros para los genes, los miembros del consorcio GO (Gene Ontology) est¨¢n estableciendo palabras aceptadas para describir las funciones moleculares, los procesos biol¨®gicos y los componentes celulares. Mediante esos t¨¦rminos, se pueden vincular genes relacionados, independientemente de sus confusas nomenclaturas.

El GO fue creado por los comisarios de algunas de las bases de datos del genoma de los principales organismos modelo: la mosca del vinagre (FlyBase), la levadura Saccharomyces y el rat¨®n. Desde entonces se han unido a ¨¦l la planta modelo Arabidopsis y el gusano Caenorhabditis elegans (WormBase).

Los comisarios de las bases de datos asignan t¨¦rminos GO a cada gen y a sus productos, y la informaci¨®n se env¨ªa a la base central de GO, establecida en ordenadores de la Universidad de Stanford (California). El objetivo es hacer una base de datos plenamente indagable, que explique la funci¨®n de los genes en todos los organismos. 'Los glosarios son din¨¢micos, una obra en progreso', afirma Midori Harris, coordinador de GO.

GO es tambi¨¦n suficientemente flexible como para aceptar sin¨®nimos en aquellos casos en que los investigadores utilizan habitualmente dos t¨¦rminos para referirse al mismo proceso, por ejemplo, divisi¨®n celular y citoquinesis.

El sistema GO est¨¢ ganando popularidad con rapidez, y los t¨¦rminos de GO aparecen en recientes art¨ªculos en los que se describen los genomas de la Drosophila y humano y en una biblioteca global de los genes del rat¨®n.El proyecto acaba de recibir un gran impulso en forma de subvenci¨®n de cinco millones de d¨®lares en tres a?os concedida por el Instituto Nacional para la Investigaci¨®n del Genoma Humano de EE UU, y goza de entusiastas conversos. Las empresas de gen¨®mica Celera, Incyte y Proteome utilizan ya el GO para su anotaci¨®n del genoma humano.