Brasil sufre un ¡®apag¨®n¡¯ de vigilancia gen¨¦tica que dificulta la detecci¨®n de nuevas cepas del coronavirus

Mientras el mundo est¨¢ preocupado por el impacto de las nuevas cepas del coronavirus, potencialmente m¨¢s contagiosas, Brasil no sabe qu¨¦ variantes del virus circulan en su territorio. El pa¨ªs hace pocos tests, y es capaz de secuenciar gen¨¦ticamente y analizar un volumen muy peque?o de estas pruebas. Esto es un reflejo de la poca inversi¨®n que se ha hecho hist¨®ricamente en ciencia. Que se produzcan mutaciones es algo com¨²n y la mayor¨ªa no generan mucha preocupaci¨®n. Pero la denominada vigilancia gen¨®mica es importante, y todav¨ªa m¨¢s durante una pandemia. Es lo que indica, por ejemplo, si hay cepas m¨¢s contagiosas o letales y si pueden escapar de la protecci¨®n que brindan las vacunas. Tambi¨¦n se?ala si es necesario mejorar las pruebas para que sigan siendo capaces de confirmar los contagios.

La semana pasada, Jap¨®n identific¨® una nueva cepa del virus en viajeros procedentes del Estado de Amazonas, donde la situaci¨®n es cada vez m¨¢s grave: con el avance de la covid-19, la ciudad de Manaos sufre una crisis de suministro de ox¨ªgeno a los hospitales. La identificaci¨®n de la variante brasile?a del coronavirus ejemplifica la dificultad que tiene el pa¨ªs para controlar las mutaciones. Brasil realiza cien veces menos secuenciaciones gen¨®micas, los an¨¢lisis de la composici¨®n de genomas completos del virus, que el Reino Unido, una referencia mundial en este ¨¢mbito. A finales del a?o pasado, los cient¨ªficos brit¨¢nicos detectaron r¨¢pidamente una variante potencialmente m¨¢s contagiosa. De momento, los cient¨ªficos todav¨ªa no pueden se?alar hasta qu¨¦ punto la nueva variante del coronavirus que se ha detectado en Manaos es responsable del segundo colapso del sistema sanitario del Estado de Amazonas, aunque hay grandes posibilidades de que esta haya influido.

Cuando Jap¨®n emiti¨® la alerta el pasado 10 de enero sobre la variante de Manaos, el grupo de investigadores de la fundaci¨®n p¨²blica Oswaldo Cruz (Fiocruz), que trabaja en Amazonas haciendo vigilancia gen¨®mica, acababa de completar la secuenciaci¨®n de algunas muestras de noviembre. Desde marzo de 2020, el grupo trabaja simult¨¢neamente en la secuenciaci¨®n gen¨®mica y el diagn¨®stico por medio de an¨¢lisis cl¨ªnicos. La primera gran ola de la enfermedad sobrecarg¨® a los investigadores, que se pasaron tres meses sin poder avanzar en la vigilancia. Solo cuando disminuyeron los casos el grupo pudo reanudar sus actividades y volver a analizar muestras procedentes de pr¨¢cticamente todos los municipios. Con la alerta japonesa, estos investigadores han comparado las muestras de ese pa¨ªs con la secuenciaci¨®n de noviembre y han confirmado que el origen de ese linaje ¡ªpotencialmente m¨¢s contagioso¡ª era el mismo que el de Amazonas.

¡°Eso fue sorprendente. Como ten¨ªamos la secuenciaci¨®n hasta noviembre, vimos que se hab¨ªa originado en el mismo grupo, pero con muchas mutaciones en un corto per¨ªodo de tiempo¡±, dice Felipe Naveca, investigador y vicedirector de Investigaci¨®n e Innovaci¨®n del Instituto Le?nidas & Maria Deane (ILMD/Fiocruz Amazonia). Ahora, el grupo est¨¢ trabajando en la secuenciaci¨®n del virus en muestras tomadas en pacientes que se contagiaron en diciembre para comprobar si, a finales del a?o pasado, ya estaba en circulaci¨®n esta variante, que tiene mutaciones similares a las de Sud¨¢frica y el Reino Unido, y otras de las que desconocemos todav¨ªa su impacto.

Otros estudios han descrito las mutaciones que se han encontrado en estos pa¨ªses y hasta ahora se ha se?alado su mayor poder de contagio en relaci¨®n con el coronavirus identificado en Wuhan (China) en diciembre de 2019, pero el cuadro cl¨ªnico de los pacientes no parece ser m¨¢s grave, se?ala Naveca. El Gobierno de Reino Unido, sin embargo, ha dicho este viernes que hay se?ales de que la nueva variante puede ser m¨¢s letal.

¡°Probablemente esta nueva variante ha adquirido mutaciones que podr¨ªan estar asociadas con un contagio m¨¢s r¨¢pido, que escapa a los anticuerpos, pero tambi¨¦n con otro conjunto de mutaciones que a¨²n no sabemos exactamente qu¨¦ hacen¡±, explica el cient¨ªfico Nuno Faria, del Centro Brasil-Reino Unido para el Descubrimiento, Diagn¨®stico, Gen¨®mica y Epidemiolog¨ªa de Arbovirus (Cadde, por sus siglas en ingl¨¦s), que ha estado trabajando con investigadores de Fiocruz. Los cient¨ªficos siguen estudiando si la nueva variante es m¨¢s contagiosa y si puede escapar a la respuesta inmune de quienes ya han tenido covid-19. Fiocruz detect¨® el pasado mi¨¦rcoles el primer caso de reinfecci¨®n por la nueva variante del coronavirus del Estado de Amazonas.

Tambi¨¦n se estudian otros factores que pueden explicar el empeoramiento de la pandemia en este momento, como el contagio durante las vacaciones y la estacionalidad de enfermedades causadas por virus respiratorios. Entre noviembre y abril, ¨¦poca de lluvias, hist¨®ricamente se produce un aumento de las infecciones virales en el Estado. ¡°Desde noviembre, estamos viendo un aumento que ya empieza a asustar. Han coincidido las fiestas de fin de a?o y las protestas para reabrir el comercio con la circulaci¨®n de una variante m¨¢s contagiosa¡±, explica Naveca.

¡®Apag¨®n¡¯ en la secuenciaci¨®n gen¨®mica

La variante preocupa a la comunidad cient¨ªfica brasile?a, sobre todo por el contexto del pa¨ªs, que nunca ha sido capaz de aplicar pol¨ªticas eficaces para controlar el contagio y, con el empeoramiento de la pandemia, sufre una gran presi¨®n hospitalaria.

El caso del Estado de Amazonas es un ejemplo de una especie de apag¨®n de datos gen¨®micos del coronavirus en Brasil. Durante la pandemia, el pa¨ªs ha llegado a fortalecer las redes que trabajan con la secuenciaci¨®n gen¨¦tica. Hay varios grupos que trabajan en este sentido, vinculados a los ministerios de Sanidad y de Ciencia y Tecnolog¨ªa, algunos en colaboraci¨®n con el Cadde. Aun as¨ª, solo el 0,024% de los casos confirmados en Brasil se han secuenciado, mientras que en el Reino Unido esta tasa alcanza el 5% y en Sud¨¢frica el 0,256%. ¡°Brasil hace pocas pruebas, y todav¨ªa menos secuenciaciones. Todo esto es un reflejo de una falta de inversi¨®n hist¨®rica¡±, explica Navarro. Los recursos que se destinaron a la ciencia el a?o pasado, cuando la estall¨® la pandemia, son un 65% inferiores a los de 2015, cuando comenzaron los recortes en el ¨¢rea. El panorama para este a?o tambi¨¦n es dram¨¢tico. ¡°En Brasil, tenemos recursos para hacer un n¨²mero limitado de muestras¡±, coincide la investigadora Ana Teresa Vasconcelos, del Laboratorio Nacional de Computaci¨®n Cient¨ªfica.

El grupo Fiocruz en el Estado de Amazonas ha secuenciado 190 genomas hasta la fecha. ¡°Podr¨ªamos hacer m¨¢s, pero tenemos el trabajo de diagn¨®stico y los recursos est¨¢n todav¨ªa lejos de ser los necesarios¡±, explica Naveca. Los problemas para ampliar el trabajo van m¨¢s all¨¢ de la falta de equipos. ¡°El cuello de botella es la inversi¨®n en reactivos y en personal. Yo dir¨ªa que, en la secuenciaci¨®n, estamos en un nivel de medio a bajo¡±, se?ala el investigador. La devaluaci¨®n del real frente al d¨®lar en los ¨²ltimos meses tambi¨¦n ha dificultado la labor del grupo de investigaci¨®n, ya que todo el material que necesitan es importado. ¡°Con los recursos que tenemos, podemos comprar la mitad de lo que compr¨¢bamos antes. En el Amazonas, sufrimos mucho por eso¡±, dice. Naveca cuenta que, el a?o pasado, el grupo no ten¨ªa pr¨¢cticamente materiales y tuvieron que pedirle a la Fuerza A¨¦rea que los trajera. ¡°Necesitamos importar materiales y muchos no est¨¢n disponibles para su entrega inmediata. Importarlos puede llevar de 30 a 60 d¨ªas¡±, a?ade Vasconcelos.

En los ¨²ltimos meses, se han retrasado los trabajos de vigilancia gen¨®mica en Brasil, seg¨²n Fernando Spilki, investigador y profesor de Virolog¨ªa en la Universidad Feevale y coordinador de la Red Corona-¨®mica, creada por el Ministerio de Ciencia, Tecnolog¨ªa e Innovaciones durante la pandemia para dirigir los esfuerzos de secuenciaci¨®n. ¡°Hubo un movimiento al principio que gener¨® m¨¢s secuenciaciones, con el esfuerzo de redes internacionales. Despu¨¦s ya no se produjeron tantas y ahora estamos empezando a recuperar el tiempo perdido¡±, dice. Spilki afirma que trabaja para ampliar la red y el n¨²mero de personas involucradas en este trabajo para proporcionar respuestas m¨¢s r¨¢pidas. ¡°No tenemos la capacidad de hacer secuenciaciones al ritmo del Reino Unido, que ha llegado a alcanzar las 7.000 secuenciaciones en un d¨ªa. Pero trabajamos para ampliar nuestra capacidad. En este momento, estamos preocupados, secuenciando tantos genomas como podemos y viendo cu¨¢les pueden preocuparnos¡±, a?ade.

Esta vigilancia es lo que permiti¨®, por ejemplo, identificar una nueva cepa en R¨ªo de Janeiro en julio, que ha predominado en los nuevos casos de covid-19 del Estado de R¨ªo Grande del Sur. Esta vigilancia permite trazar la ruta del virus, pero tambi¨¦n es importante saber si es necesario mejorar las herramientas de diagn¨®stico existentes para detectar nuevos casos. ¡°Si se produce una mutaci¨®n en una regi¨®n del virus que el test reconoce, puede dar un falso negativo. Con esta informaci¨®n, es posible ajustarlo y hacer que el test vuelva a funcionar¡±, explica Naveca.

Con relaci¨®n a la vacunaci¨®n, la vigilancia gen¨®mica tambi¨¦n es crucial, porque pueden desarrollarse mutaciones que escapen de la protecci¨®n que ofrece el inmunizador, que entonces tendr¨ªa que mejorarse. ¡°Hasta ahora, ninguna de las variantes disminuye la eficacia de las vacunas¡±, advierte Ana Teresa Vasconcelos. La experta explica que se han observado mutaciones en la prote¨ªna Spike, donde act¨²an varias vacunas, pero que conseguir interferir en esta protecci¨®n es m¨¢s complejo: ¡°Y aunque se identifique alguna [mutaci¨®n] muy da?ina, estas vacunas se fabrican de forma que se pueden adaptar¡±, reflexiona.

El inicio de la vacunaci¨®n de la poblaci¨®n puede reducir el volumen de mutaciones. ¡°Cuanto menos circule el virus, menos personas lo transmitir¨¢n. Para sobrevivir, tiene que seguir contagiando¡±, explica Vasconcelos. En este sentido, una pol¨ªtica de contenci¨®n de contagios ser¨ªa importante. ¡°Las medidas en Brasil son muy leves y estamos dejando mucho margen para que el virus evolucione. Necesitamos, urgentemente, adem¨¢s de medidas m¨¢s restrictivas, que se vacune. Necesitamos contener esto para que el virus no siga diversific¨¢ndose y tengamos un problema en el futuro con las vacunas¡±, concluye Spilki.